W przypadku mediacji prywatnej, strony indywidualnie wraz z mediatorem ustalają koszty mediacji. Koszty mediacji prywatnej nie są regulowane przez rozporządzenie ani inny akt prawny.
Mediacja prywatna najczęściej pociąga za sobą koszty podobne do stawek z rozporządzenia. Wysokość wynagrodzenia ustalamy najczęściej w umowie o przeprowadzenie mediacji, którą strony zawierają z mediatorem.
W swojej praktyce mediatora, wynagrodzenie uzależniam przede wszystkim od rodzaju sprawy, wartości przedmiotu sporu oraz ilości spotkań. Jeżeli szczęśliwie mediacja zakończy się sukcesem, wynagrodzenie mediatora uwzględnia też koszt przygotowania projektu ugody oraz ewentualnie złożenia do sądu wniosku o zatwierdzenie zawartej ugody.